Åbenbart var DIS ikke nok så de danske rederier bearbejdede de danske politikere og i 2002 vedtog Folketinget en ny skattelov for danske rederier:
Tonnageskatteordningen
Argumentet fra rederierne var at andre lande havde tilsvarende skatteordninger bl.a. havde Norge og Holland indført lignende ordninger.
I 2002 blev der så indført en tonnageskatteordning, hvorved rederier kan betale 22% i skat af en fast skattefastsættelse per skib (baseret på skibets netto tonnage), og derved ikke betale den normale selskabsskat på dengang 25%, nu 22% af overskuddet. Rederierne skal hvert 10. år beslutte om de vil benytte sig af tonnageskatteordningen eller den almindelige skattemetode hvor mulighederne for skattefradrag er reduceret. Tonnageskatten skal betales uanset om rederiet har overskud eller underskud. Så godt som alle rederier har valgt skattetonnageordningen. I forbindelse med vedtagelsen af ordningen skønnede man at danske rederier betalte ca 100 millioner kr. i skat og at dette ville gå ned med 50 mill kr. SKAT oplyste i 2021 at man nu mener de tabte skatteindtægter beløber sig til ca 1. milliard kroner men at der var en stor usikkerhed med disse tal. Med de meget høje overskud mange rederier har haft i 2020/21 og nok også i 2023 er tallet nok snarere omkring 10 milliarder kr per år.
SKAT har oplyst at rederierne har betalt mellem 128 og 164 millioner kr. i tonnageskat per år mellem 2014 og 2019. Det svarer til mindre end 1% af deres overskud i samme periode. Ligesom DIS er tonnageskatten igen og igen blevet udvidet, sådan at flere og flere skibe og rederier er blevet omfattet.
Ifm. den nye globale skat der er blevet forhandlet i 2021 kunne man have inkluderet rederierne men dette skete dog ikke. Den danske regering ønskede ikke dette da de mente rederierne stadigt havde mulighed for at registrere skibene i de (få) lande der ikke er med i den globale skatteordning.
